Tokom 1588. godine u turskom popisu se navodi manastirsko imanje i čini se da ono nije bilo malo. Možda je i zato tokom 1566. godine određena otkupna cena od čak 6000 aspri (akči). Međutim, manastiru nije bio suđen miran život tako da je nedugo potom spaljen (verovatno od Turaka) i odmah zatim raseljen. Od tada je ovaj manastir napušten, ali (čini se 1679. godine) patrijarh Arsenije Čarnojević dozvoljava monasima manastira Rače da se nasele u Malu Remetu. U to vreme manastir je bio u potpunim razvalinama pa su ga monasi iz Rače obnovili. Možda od tog događaja i potiče priča da je kralj Dragutin Malu Remetu poklonio ovim monasima. Od tada se Mala Remeta vodi kao metoh Beočinskog manastira. Iz toga vremena potiče i manastirski pečat. Nema sumnje da su račanski monasi obnovili Malu Remetu, ali kakve su prirode bili građevinski radovi koje su oni obavili teško je reći, ali verovatno ne posebno veliki jer se tek od 1739. godine počinje graditi crkva uz pomoć Stanka Milinkovića iz sela Šuljma. Da je i tada Mala Remeta bila metoh manastira Beočin vidi se iz ugovora sa zidarima gde je navedeno da se nova crkva nalazi na „gruntu manastira Beočina, zvano Remetsko“.